隨後，他在廚房中將大米磨成汁水，與山芋煮成的汁水混合製成培養液。接著，他將食物上的黴菌刮下，放入培養液中。完成後，秦懷玉對孫思邈說：“孫老，現在第一步已經完成了，我們七天後開始後續的製作。”
孫思邈點頭表示讚同，隨後便離開了秦府。
七天時間轉瞬即逝，孫思邈一大早就迫不及待地來到秦府。
他見到秦懷玉後，急切地問道：“秦小子，你準備好後續製作了嗎？”
秦懷玉輕鬆地回答道：“孫老，您彆著急，吃早飯了嗎？要不要嘗嘗我做的豆腐腦，這可是大唐獨一份的美味。”
“我已經吃過了，你也快些吃，吃完咱們就去製作那個青黴素。”孫思邈催促道。
秦懷玉見孫思邈如此焦急，便迅速吃完早餐，隨即引領他來到自己製作青黴素的屋子。
他先取出早已經準備好的活性炭。活性炭的製作過程並不複雜，將硬木或果殼放入帶有氣孔的金屬容器中，用明火烘乾，待鍋中不再冒煙後，讓已碳化的硬木自然冷卻。隨後，用冷水清洗去灰塵和雜質，瀝乾水分，將木炭磨成粉末，再風乾，活性炭便製作完成了。
接著，秦懷玉拿出一個透明的琉璃瓶子，這是他在釀酒時使用的。他將漏鬥放置在瓶口，漏鬥口夾了一塊棉花，然後通過漏鬥將培養液過濾進瓶子中。
之後，他往瓶子中倒入三倍於培養液的菜油。由於秦府早已習慣食用炒菜，因此菜油的存在並不奇怪。接著，秦懷玉開始攪拌，直到瓶中的液體明顯分為三層。他小心地將上麵兩層液體舀出，隻保留最下麵的水狀物。這是因為水和油的區彆非常明顯。
然後，他加入事先準備好的碳粉，持續攪拌，直到碳粉完全吸收所有液體。接下來，他用蒸餾水清洗炭，再分彆注入酸性水和堿性水。經過這一係列操作後，得到的液體再通過放了棉花的漏鬥過濾一次。最終，得到的液體就是青黴素溶液。秦懷玉將青黴素溶液滴入已準備好的培養皿中，並蓋好蓋子。
完成這一係列操作後，秦懷玉對孫思邈說：“接下來我們要等七天。如果溶液周圍出現圓圈，那就說明我們成功了；否則，我們需要重新開始操作，直到成功為止。”
七天的時間，對於秦懷玉和孫思邈來說，仿佛比七年還要漫長。他們每日都要檢查培養皿中的青黴素溶液，儘管秦懷玉已經告訴他們這是必要的等待，但內心的焦慮卻難以平息。每當夜幕降臨，秦懷玉都會站在窗前，仰望星空，似乎在尋找那遙不可及的答案。
終於，到了第七天的黃昏時分，孫思邈顫抖著雙手，將培養皿取了出來。他們的目光緊緊盯著那透明的液體，期待著奇跡的出現。隻見在青黴素溶液的周圍，漸漸出現了一圈又一圈的透明圓環，仿佛在宣告著他們的成功。
孫思邈激動地握住秦懷玉的手，眼中閃爍著淚光：“成功了！秦小子你成功了！”秦懷玉也激動得說不出話來，隻是用力點頭，眼中滿是欣慰與自豪。
在隨後的日子裡，孫思邈進行了動物實驗，以驗證青黴素的效果。正如秦懷玉所言，青黴素確實是一種神奇的消炎藥。如果能在戰場上使用，將能挽救更多大唐士兵的生命。
當秦懷玉向孫思邈傳授青黴素的製作方法時，他特地提醒他，如果青黴素用於人類治療，務必先進行皮膚測試。因為有些人會對青黴素產生過敏反應，錯誤使用可能危及生命。
這段時間裡，秦懷玉向孫思邈傳授了許多現代醫學知識。儘管秦懷玉並非醫學生，但他為孫思邈提供了方向和建議，為孫思邈的後續研究奠定了基礎。