馬歇爾的功績，力量與人格魅力讓他很快得到了全團上下的承認，而針對於軍團本身的自由氣息，同時也是為了儘可能的塑造軍團中央的權威，馬歇爾也做出了一定的改革也就是【真理之庭】製度。
【真理之庭】的存在讓第二軍團的思想不會是頑固不變的，它規定了一旦有一種思想或流派得到了軍團之中一定數量戰士的認可，那麼【會議】就會召開，第二軍團的精英們會對這種思想進行考驗、辯論與詰問，來決定它是否會成為軍團認可的一種新思想。
這種製度讓第二軍團擺脫了固守己見的危險性，卻也帶來了另一些理論上不確定的因素如果真的有人能提出一個看似無懈可擊的觀點，那麼哪怕他的出發點可能並不好，也足以在軍團裡掀起波瀾。
同時，【會議】也確立了【逆言無罪】的製度，確定了新思想的提出者不會因為其冒犯的言論而獲罪，除非是在場絕大部分人的強烈要求下，才會判以監禁或者流放的罪名。
也正是這種製度，讓第二軍團日後對荷魯斯大力推行的戰士結社文化並不感冒他們並不缺乏這種交流的平台，甚至在第二軍團看來，戰士結社實在是過於小家子氣了，缺乏傳播真正智慧的大辯論。
就這樣，在馬歇爾的治理下，第二軍團迎來了鼎盛時期他們一度擁有五萬多名阿斯塔特戰士，並與第一軍團一同跟隨著帝皇的親自指引。
這種情況一直持續到統一戰爭末期，基因原體計劃的實行與失利，讓帝皇對第二軍團的態度有了些變化。
人類之主開始頻繁訪問第二軍團，他會接見軍團的戰士們，並且無私的點亮其中一些人的潛能就比如說第二軍團的第一名靈能者就是帝皇親自指引的，當帝皇宣布自己將開始大遠征的計劃的時候，第二軍團中已經出現了許多全新的流派，而【會議】也在不斷的召開。
在這一階段，人們有時會把逐漸顯露出多種能力的第二軍團與第一軍團相媲美，事實上，兩個軍團從一開始就是類似於競爭對手的關係，但是這並不妨礙他們在戰鬥中互相托付背後與生命。
無數新流派的出現有利也有弊它們既讓軍團呈現出了前所未有的繁榮，也加劇了軍團內部的分歧，但是馬歇爾成功的用威望壓下了這一切，他將軍團幾十年來探索得到的強大武器緊握在了自己手裡，同時不斷彌合著軍團內部的裂痕。
也正是在這種情況下，大遠征，開始了。
——大遠征的陰雲——
作為當時帝皇麾下規模最為龐大的軍團之一，第二軍團的第一個任務就是與第九軍團一起攻下海王星。
這是一個無比困難的挑戰，因為海王星和它的衛星上布滿了源自紛爭時代的可怖變種人，他們擁有著百倍於阿斯塔特的數量和古怪的遺物武器。
軍團在攻下海王星主星的過程中遭遇了前所未有的損失，超過一萬名阿斯塔特血灑疆場，整個軍團減員了至少四分之一，直到馬歇爾動用了密庫，海王星主星才被徹底的攻下。
隨後，一場臨時的【會議】在軍團旗艦上展開，這是有史以來最為混亂的一場，每個流派都在互相指責，同時宣稱自己的力量可以拯救軍團，這一情況持續到一名禁軍作為帝皇的特使闖入了殿堂之中，宣布了帝皇的命令
每個流派將單獨行動，攻擊海王星的各個衛星，用實際的戰果證明自己的力量。
儘管有些軍官對這個命令有所顧慮，但最終軍團還是決定按照帝皇的指示行動，然後，他們遭遇了最尷尬的結果。
也許是衛星上的變種人遠不如主星上的強大，又也許是單純的運氣每個流派都成功了，他們對自己的理念的信心也更加充足了，情況沒有得到絲毫的緩解，反而更加暴烈了。
這種分裂顯然影響到了軍團的力量，同時他們也不斷遭遇強大的敵人，征服的效率在帝皇的親軍中排名靠後，因此，理所當然的，第二軍團的補給也不那麼充足，也因為軍團主流的遲遲無法確定，第二軍團一直沒有自己的母星，人數呈不斷下降的趨勢，無數慘烈戰爭所帶來的損失都沒有得到很好的補充，而由此也激發了各個派係之間愈發激烈的衝突。
馬歇爾不得不經常衝鋒陷陣，因為除了他自己，很少有戰士能夠完全服眾，這種情況很快擊垮了他本就不完整的手術，屢次戰鬥的暗傷，還有【利用者】火炮那始終沒有彌合的傷口，這個曾經強大的戰士在一場空前激烈的混戰後，終於再也不能衝鋒在最前麵了，他隻能靠著空前的威望來平穩軍團內部的紛爭。
這種情況持續到瑞麗斯戰爭，在這場極度慘烈的圍城戰中，第二軍團作為帝皇親自選定的先鋒，再次付出了超過一萬人的傷亡代價，甚至發生了最新招募的戰士全部戰死的慘劇。
而在戰爭結束後，帝皇選擇把第二軍團交給了歸來的荷魯斯統帥。
——荷魯斯與太陽之死——
荷魯斯非常尊敬第二軍團的力量，即使他發現了馬歇爾的威望足以遏製自己的命令與意誌，他也保持著表麵的絕對友好。
對於第二軍團，荷魯斯處於一種患得患失的情緒第二軍團的密庫與強大戰鬥力在荷魯斯看來是勝利的一道保證，但是這個軍團的資格實在是太老了，其中充斥著一大堆從統一戰爭走來的古戰士，他們完全有能力與威望帶領其他軍團的戰士甚至是影月蒼狼來對抗荷魯斯的意誌。
雖然第二軍團並沒有這麼做，但是荷魯斯依舊感到了些許憂慮。
最終，基因原體選擇了兩套方法他始終堅持【帝國法令】與【尊重軍團獨立自主性】，既沒有調整第二軍團靠後的補給排序，也沒有插手第二軍團的內部紛爭，任憑他們自我消耗。
而另一方麵，荷魯斯以帝皇子嗣的身份與第二軍團的老戰士們交好，並很快運用強大的力量與人格魅力折服了包括馬歇爾在內的很多老戰士。
而麵對馬歇爾的困境，荷魯斯則是提出了一個解決方案主動分裂軍團，讓每個派係自由發揮，用實際情況來證明究竟哪一個才是最好的。
最終，馬歇爾被原體說動了，也正是在這個時候，一個叫尼采的第二軍團戰士團結了一大批新銳士兵，要求舉行新一屆【會議】，馬歇爾最終決定，兩件事情在這一次同時處理。
在一個叫太陽之死的星係，第二軍團新一屆的【會議】舉行了。
而尼采的發言震驚了所有人。
這位戰士在發言中抨擊了帝皇他宣稱軍團的困境都是帝皇所為，人類之主顯然在暗中助長軍團的內部分裂，而一路上遭遇的無數強敵與補給困難也是帝皇的暗中軟刀子。
尼采宣稱，人類之主的目的非常的明顯，就是要讓第二軍團成為他手中那條半死不活的餓狼無論是接下來得到了幫助鳳凰涅槃，還是沒有援助漸漸消亡，這兩種命運如今都被帝皇緊握在手裡，且都是合理到讓任何人無話可說的。
半死不活，這就是帝皇所渴望的第二軍團的狀態，伴隨著大遠征走上正軌，越來越多的原體回歸，所有軍團的力量也不斷的膨脹，人類之主已經不再那麼依賴於第二軍團的力量了。
但即便如此，尼采卻無法解釋一點那就是帝皇為什麼要這麼做，他為什麼要針對第二軍團。
由於無法自圓其說，同時，以馬歇爾為首的老戰士對帝皇的敬仰不可撼動，尼采最終被判為有罪，他和他最堅定的支持者通通被處以流放之刑，這支【失落艦隊】就此離開了第二軍團的主力，向著銀河東北部前進。
【失落艦隊】具體有多少阿斯塔特還是一個未知數，但是在它離開後，馬歇爾不得不緊急征兵，包括赫克特在內的一批新兵就是這個時候入伍的。
此時，第二軍團的人數隻有一萬到一萬五千人左右，而同樣在此時，大遠征已經開始了五十多年，阿斯塔特戰士的總人數已經達到了六七十萬人。
【失落艦隊】是第一批向帝國彙報冉丹異形二次入侵的帝國軍隊之一，而尼采本人則是在一次與冉丹的遭遇戰中陣亡，但他的追隨者們拒絕了回歸的命令，他們選出了新的領袖，開始在帝國的邊緣區域不斷地戰鬥與探索。
而接下來的會議中，馬歇爾試圖彌合軍團的最後努力也失敗了，他不得不拆分了軍團，公平的分成了幾個艦隊，同時向他們下達了三條命令
一，竭儘全力的完成帝國與帝皇發布的命令，證明第二軍團的忠誠與價值。
二，竭儘全力的擴大自身，招募新的士兵與戰士，保證軍團的存續。
三，儘可能的尋找到原體，因為隻有原體的力量與地位能夠解決軍團的問題。
最終，這個曾經輝煌的軍團迎來了自己的分裂，馬歇爾率領著軍團的主要力量與秘密武器庫跟隨在荷魯斯的身邊，而分散出來的艦隊們則是奔赴了各個戰場，其中有一支開往了銀河東北部，那裡正爆發著全銀河最慘烈的戰爭。