大批官員的落馬，導致本就缺人的朝廷，出現了許多的空位。
尤其是是五品以下的朝官，可以說所剩無幾，甚至於六科的官員加起來都隻有五個了。
朱由校也正好借著這次機會，開始將皇明學院，以及北直隸學堂的學子貢生，安排進了朝廷。
隨後便開始了著手製度的改革。
羽林軍的後勤司和參謀司，正式成為了朝廷的衙門，不隻是軍隊中的編製了。
並正式成立了軍部，與六部一樣獨立出來，直接對皇帝負責。
規章製度以及軍權的劃分也非常細致。
兵部的兵權正式被剝奪，從此以後，兵部再也沒有管轄軍隊的權力，包括武舉以及練兵權。
基本上是恢複到了洪武年間的規劃，兵部隻有核實軍功，以及對於軍隊增減規劃的權力。
其它的則都被劃分給了軍部，軍部的官員也不在是文官擔任，而是由立有戰功，老成穩重的武將來擔任。
並且效彷了漢朝的重號將軍製度，凡是在軍部任職的，都會掛上新增的前後左右稱號的將軍印。
官職定為正二品，與六部的尚書相比，不管是職責還是地位，都是相當的。
同時也剛好是四個人，同等地位同等權力，防止像內閣一樣，搞出個首輔次輔的先後順序來，一家獨大。
當然了，他們也是沒有兵權的，他們就類似於內閣一般，專門協助輔左皇帝，處理軍隊以及國防等諸多事務。
相當於皇帝的軍事秘書，隻有參議權而沒有決定權。
而參謀司和後勤司，也是劃歸給了軍部管轄。
戶部撥發的軍費錢糧，直接與後勤司進行對接，不在經過兵部之手，一定程度上保證了貪汙最小化。
更重要的是，文官與武將之間的關係，不在是上下級了，而是平等的。
不管是邊軍，還是名存實亡的五軍都督府，直接隸屬於軍部節製管轄。
眾所周知，自詡清高的文官士大夫們，向來是瞧不起武將的。
朱由校這樣的安排，也是怕武將們領著兵馬在外麵拚命，後勤得不到保障。
軍隊被文官們利用職權或是一些名義，卡著脖子的事，曆朝曆代都是有的。
而武將的升遷以及調度，這是大事，則要軍部和兵部兩方拍板，才能有效，這是朱由校有意為之。
此項改革製度一出，再次在朝廷引起了軒然大波。
反應最為激烈的，自然是兵部了，就連王在晉都不澹定了。
不止是兵部的官員，就連其他各部的官員，也是紛紛找他探聽消息。
滿朝的官員，誰不知道他王在晉是皇帝最為信賴倚仗的大臣
毫無意外，多數的官員，都沒有得到王在晉的好臉色，不是被趕了出來就是在外麵喝西北風。
“大司馬，您得陛下信重，當速速入宮覲見，勸諫陛下儘快收回聖旨才是。”
“是啊，按照陛下聖旨所說，軍部如果真的設立了，那還有兵部什麼事？”
“我等官員，豈不成了無用之人？”
兵部的官員們一個個急不可耐，隻能來勸說王在晉，去阻止皇帝的行動。
可身為尚書的他，此時難道就沒有危機感？
他現在的心情，是最為糟糕的，比任何人都要煩躁。